Zgodnie ze zmianą Dyrektywy 2006/112/WE dokonaną Dyrektywą 2010/45/UE, która weszła w życie z dniem 1 stycznia 2013 roku nie ma rozróżnienia w prawie unijnym na faktury tradycyjne i elektroniczne. Oznacza to, że zostały zrównane zasady dotyczące przechowywania faktur. W związku z jeden egzemplarz faktury tradycyjnej (oznaczanej do dnia 31.12.2012 roku jako „KOPIA”), których drugi egzemplarz (poprzednio „ORYGINAŁ”) został przesłany do kontrahenta mogą być przechowywane w dowolny sposób. Świadczy o tym zmiana rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 28 marca 2011 roku w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług. Zgodnie natomiast z poglądami judykatury (orzeczenia wojewódzkich sądów administracyjnych oraz NSA), jak również stanowiskiem organów podatkowych wynikającym z interpretacji możliwe jest przechowywanie wskazanych dokumentów rozliczeniowych w systemie elektronicznym, albo w formacie PDF.